蘇嘉全在2010年也曾爆出論文抄襲風波， 臉書粉專《逆風的烏鴉》指出， 國民黨前立委邱毅就爆料，蘇嘉全論文抄襲親戚陳永森發表的文章，不過經中山大學判定，認定蘇嘉全沒有抄襲。對此，蘇嘉全告邱毅誹謗、違反選罷法的案子，不過北檢認定，蘇嘉全論文與邱毅指控他抄襲的論文有多處雷同，因此兩罪皆不起訴。
經查後發現總統府祕書長蘇嘉全、準監察院長陳菊，都是公共事務管理研究所在職專班畢業，且2人的指導教授都是高捷前董事長、中山大學前公事所專任教授吳濟華。
另外，陳菊碩士論文《植基於勞動人權與勞動競爭力之台灣外勞政策》的指導教授也引發關注，為時任中山大學公事所專任教授的吳濟華，研究領域為都市規劃、政策分析。據了解，吳濟華在陳菊市長內任受聘為市府都市設計審議委員會、經濟發展委員會委員，後來接手高雄捷運董座。
對此，陳菊辦公室表示，陳菊論文2001年完成，當時是勞委會主委，不是高雄市長。針對近期學術論文引發爭議，中山大學也表示，社會科學院已成立審定委員會，秉持公正客觀的原則，對於只要有爭議或遭檢舉的論文案，都會再次進行嚴格審查。
對於論文被指控抄襲，蘇嘉全辦公室今澄清表示，當年在邱毅檢舉後，中山大學成立7人審定委員會，後來經1/2以上出席，最終評審會議討論並投票議決，認定蘇嘉全的碩士學位論文未有抄襲行為。蘇辦認為，蘇嘉全的論文已通過學術界嚴格檢驗，希望國民黨不要再以抹黑他人當作解決問題的求生手段。
