文化部為永續保存及推廣台灣漫畫史料資產，與台中市府合作，原訂以「中台灣電影中心」部分空間建置國漫館，但今（2020）年5月傳出新建中的中台灣電影中心無法達成文化部提出的博物館空間3大基本需求：「空間集中」「獨立出入口」「獨立機電系統」，雙方近30次協商會議後，文化部宣布合作破局，決定另覓地點設置國漫館。
文化部宣布國漫館將另覓地點後，中市府除了表達錯愕、遺憾，也呼籲文化部履行合作意向書。市長盧秀燕6月初還北上與文化部長李永得商議，李永得也允諾優先考慮在台中選定新址，如今初步擇定在台中市「帝國製糖廠台中營業所」及「台鐵新民街倉庫群」兩處作為國漫館設置地點。
文化部指出，在選址過程中，感謝國內漫畫、建築及博物館界等專家學者共同參與，包括台北市漫畫從業人員職業工會理事長賴有賢、漫畫家卓宜彬（鐵柱）、漫畫家劉明昆、東海大學建築系教授郭奇正、建築師黃聲遠、建築師簡學義、雲林科技大學文化資產學系教授林崇熙、國立成功大學歷史系副教授謝仕淵等，針對中市府提出的7處建議場址，組成選址評估委員會，依據漫畫博物館專業需求評估，順利完成重新選址。
文化部強調，在重新選址過程中，文化部仍持續推動漫博館軟體籌備工作，以軟體先行模式，由國立台灣歷史博物館協助典藏、研究及組織規劃等籌備工作。在選址結果確認後，將於明年辦理規劃設計，並報請行政院同意修正公共建設計畫，期待早日完成國家漫畫博物館籌設工作。
