總統蔡英文日前在臉書等社群平台，邀請民眾本週六（31日）一起參加第18屆同志大遊行，民進黨也將以中央黨部的名義率團參加，共襄盛舉但此舉卻讓「第20屆國家祈禱早餐會」籌備會的部分委員有所疑慮，27日開會討論後，決議「建議蔡總統不必到場，委派另一位政府官員出席即可」，而蔡總統也從善如流，於今（29日）回應不會參加早餐會。
然而台灣基督長老教會對於籌備會的決定相當不能認同，今日發布聲明表示，「蔡英文總統與執政團隊面對『武漢肺炎』、中國軍機擾台等危機，在防疫、國防、經濟等各方面有良好成績，台灣在國際上的支持和聲譽，更是愈加亮眼。本會與眾教會應當予以肯定，時常為國家和總統祈禱。」
而本屆籌備會早已正式邀請蔡總統出席，卻在舉辦前夕僅為單一議題，就建議總統不要到場，「已經不符合本會自2001年首屆國家祈禱早餐會參與至今的宗旨：『台灣眾教會共同為人民、政府、總統、國家、及世界和平所做的祈禱，求上帝使我們的國家能夠落實上帝所賜的公義、和平、慈愛，讓台灣成為一個信、望、愛的國家。』本會不得不痛心的拒絕參加本屆國家祈禱早餐會。」
長老教會更指出，總統為國家元首代表國家，歷來都會邀請總統到場致詞（除第15屆由前副總統吳敦義代為出席），讓眾教會為國家和元首祈禱、求上帝賜福國家，但總統若不到場，就失去了國家祈禱早餐會的實質意義，且本屆主題為「愛無國界」，「因單一議題的立場差異，造成總統是否到場的疑慮，何以見證在基督裡『愛無國界』。」
長老教會表示遺憾地宣布，即起退出本屆籌備會，明日也不會參加「第20屆國家祈禱早餐會」。
對此，總統府透過發言人張惇涵回應，由於總統府不樂見籌辦團體為此爭紛，總統婉復出席，也不會另委派代表與會，但仍祝福活動圓滿順利。同時也強調，《司法院釋字第七四八號解釋施行法》是基於大法官釋憲及公民投票結果，經由立法院通過的法律，並引述日前天主教宗方濟各的發言指出，「同志有權組成家庭。他們是上帝的子民，有權建立家庭。沒有人應該為此被趕出去或是變得悲慘。」
張惇涵表示，今年國家祈禱早餐會以「愛無國界」為主題，而台灣能夠成為亞洲第一個婚姻平權合法化的國家，就是具體實踐了台灣是透過民主捍衛人權，同時展現台灣社會多元與包容價值的重要里程碑。
