國家祈禱早餐會歷年來均會邀請現任總統參加，會中數個基督教會將一同為國家和元首祈福，今年的國禱會自籌備一開始就確定邀請總統蔡英文出席，但卻在27日透過線上會議的方式，決議「建議蔡總統不必出席祈禱早餐會，委派另一位政府官員即可」。原因是蔡總統日前在臉書公開邀請民眾參與即將在31日舉辦的同志遊行。
蔡總統收到通知後決定從善如流，回覆表示不樂見籌辦團體為此爭紛，總統婉復出席，也不會另委派代表與會，但仍祝福活動圓滿順利。
身為籌備會成員的長老教會，對於籌備會這個決定相當不滿，認為蔡政府近年來在防疫、對抗中共威脅的表現良好，竟只因單一議題就不讓蔡英文出席，根本違背了國禱會的初衷，也與今年的主題「愛無國界」不符，憤而宣布退出籌備會，也不參加明日的國禱會。
先前曾大力挺同的牧師陳思豪也公開痛批，這些基督教會領袖以為總統很閒嗎，「哪來這麼大的口氣，搞一個國家祈禱早餐會還特別要求總統不要來參加？」更指那些反對國家制定保障同志政策法律的基督徒，「到底是夠了沒有？」
在引發爭議後，根據《基督今日報》報導，第20屆國禱會籌備會下午突然發布聲明。籌備會指出，確實在獲悉蔡總統公開號召參與同志遊行活動後，引發教會內部不同的意見，而本此國禱會主題「愛無國界」，除深切表述基督大愛的包容性外，更無意引發各界因意見不同，所可能帶來之對立，所以在向蔡總統表達他們的顧慮後，蔡總統回應表達尊重與理解，「我們對蔡總統積極顧念不同意見，並不願為社會或教界帶來任何撕裂與傷害的回應，表達肯定與感謝。」
如今國禱會即將舉行卻爆發議論，籌備會認為，「為避免不必要的誤會，也基於教會對不同價值觀恆久忍耐與恩慈的信念，國家祈禱早餐會決定，停辦第20屆國家祈禱早餐會，據此以『愛』的具體行動，跨越國界、族群、立場與價值觀。」
