林英昌恢復意識後，除了講述犯案動機及過程，還透露一段祕辛。他告訴專案小組，原本一度打算在新竹車站的月台引爆炸彈，但因看到一名小女孩露出天真可愛的笑容，決定放棄。
針對這起台鐵爆炸案，台北地檢署同年11月偵查終結，檢察官依殺人未遂及違反《槍砲彈藥刀械管制條例》等罪嫌，對林英昌提起公訴，建請法官從重量刑。全案進入台北地方法院審理時，林的兒子和前妻也曾到場旁聽，林當下行使緘默權，拒絕回答問題，律師則替他辯護，說他並未將爆裂物投向他人，林的兒子與前妻也希望法官能讓林交保。
不過，一審法官並未同意，將林英昌重判30年，案件繼續上訴，最高法院在2017年11月，依殺人未遂等罪，合計判林30年4個月定讞，另外也判他賠償台鐵及受傷旅客共680多萬元，為全案畫下句點。
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