李鵬程偵辦最轟動案件，莫過2008年4月，時任國民黨立院黨團副書記長張碩文的父親、全國農田水利會聯合會長張輝元，涉嫌在立委選舉時，替兒子賄選買票遭求刑30年，最後教唆頂替樁腳部分遭判刑10個月確定入獄，交付賄款部分一審判刑5年，二審改判4年6月，後來上訴最高法院，張碩文當選無效確定，雲林進行補選
此外，李鵬程還偵辦過前雲林縣長蘇治芬被控收賄案，當初他以違反貪污治罪條例對蘇治芬求處15年重刑，引起政壇大地震，結果一審、二審法院都判蘇無罪，2013年間，最高法院又以本案符合刑事妥速審判法的「限制上訴三審條款」，從程序上駁回檢方上訴，判決蘇治芬無罪確定。
全案是檢方認為蘇治芬擔任雲林縣長時，璟美公司為取得垃圾掩埋場運轉許可證，透過營造公司董事長向蘇行賄500萬元，蘇請副縣長退還，不過，院方認為檢方舉證不足，加上其他被告的說法無法證明蘇假借縣長職務指定承攬工程，其他相關事證也不足以認定蘇涉及貪污，因此，判決蘇無罪。
當年李鵬程起訴蘇治芬引發爭議，他是彰化人，家中排行老大，為了分擔家計，先考上公費師專當老師10多年，一路扶持弟妹完成學業，後來才轉考司法官，他辦案犀利，檢察界對他評價不錯，認為他只問證據不看顏色，對於政治人物向來六親不認，藍綠早已全都得罪。
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