郭珍弟90年代初開始投入影像創作時,作品多為紀錄片,但後來也執導公視人生劇展長片、編寫劇本。2000年,郭珍弟以《希.音拉珊》入圍台灣國際紀錄片雙年展國際競賽影帶單元,隔年又以《清文不在家》入圍金馬獎最佳紀錄片,兩部作品都與蘭嶼達悟族原住民有關,也看到她作品中的人文關懷。
2003年推出的紀錄片《跳舞時代》由郭珍弟與簡偉斯共同執導,影片從流行音樂文化的角度切入台灣日治時期的1930年代,也看到台灣當時豐富多元的文化樣貌,以及認同的矛盾。獲選為2014年高雄電影節開幕片的《海上情書》,是郭珍弟與夫婿柯能源共同執導的紀錄片,描述一艘遠洋漁船從高雄出海前到返鄉之間的各種過程,以及一趟出海3年來船員們的心情與生活。
郭珍弟表示,拍攝紀錄片多年來,讓她養成觀察各種細節的習慣。「對於因果的理解,不像一般人,會更謹慎小心。有些人把『因為』、『所以』想得很簡單,以為理所當然。但如果靠得很近、仔細觀察,會發現其中有許多微妙的關係,和我們所想像的不太一樣。」
拍攝紀錄片的過程中,郭珍弟有時會感受到當事人面對真正的衝突,不見得能完全在鏡頭前與觀眾分享,尤其觸及某些內在深處的糾結的時候。因此當她想傳遞的訊息不適合、或很難透過紀錄片表達時,她也會改以劇情片的方式呈現。