陳建仁認為，病毒株一旦通過邊境檢疫進入台灣並造成社區感染，要完全清除很不容易，尤其輕症、無症狀帶原者可能不斷地傳遞病毒，除非把感染者全部篩檢出來，否則病毒已與我們同生共存。
陳建仁指出，茶藝館群聚形態是感染在短期內大爆發的主因，因為顧客和服務員一待就1、2個小時，又不戴口罩吃喝、聊天、沒保持社交距離，構成密切接觸者，且這些人警覺性不高，感染時若僅輕症，很容易把病毒傳到他處；加上茶藝館型態特殊，服務員流動性高，日本、泰國都有類似的成人場所群聚感染案例。
外界質疑4月中旬疫情指揮中心宣布機組員檢疫措施由「5＋9」（居家檢疫5天採檢陰性，再自主健康管理9天）放寬為「3＋11」，是導致這波疫情的破口。陳建仁受訪時也認同，這項檢疫措施放寬確實需要檢討。他認為，縮短機師等高感染風險族群返國居家檢疫天數，應以科學證據佐證，並搭配強制接種疫苗等措施，若無相關配套「就很容易產生破口」。
至於前陣子指揮中心因篩檢量大增而塞車衍生出的「校正回歸」（backlog）案例，陳建仁以其專業說明，這在SARS期間也曾發生過，因為一個病例從感染、發病、篩檢到研判都有一定的程序要走，需要一些時間，若當中發生延遲狀態就會發生校正回歸的狀況。
陳建仁認為，指揮中心應該一開始就對大家說，現在報告出來的確診數，只是已篩檢的一定比例，未來還會有後補資料更新，民眾就不會產生那麼多批評聲浪，去質疑說：「你這個數字怎麼會一直調一直調？」他強調，「校正回歸」是全世界每個國家都會發生，並不是台灣獨特發明，把它污名化成說是掩蓋數字，並不科學。
陳建仁並說，雙北地區升至三級警戒後的2週內，因病例數大量增加，地方政府在篩檢站設置、接觸者居家隔離、集中檢疫、醫院治療量能等面向措手不及，堪稱「混亂時期」，世界各國都有類似的情況，如今各地方政府漸漸地步上軌道，一定要從中得到教訓，避免再發生。他也呼籲，民眾應多給中央、地方防疫機關掌聲，少指責、少口水、多鼓勵、多幫助，一起做好防疫工作。
