這件震驚學術界的論文造假案，發生於2016年11月間，國外網站「PubPee」質疑，台大教授郭明良、張正琪等13人，刊登於國際期刊的多篇癌症研究成果的圖片涉及造假。對此，台大生命科學院、醫學院組成調查小組，並由校外人士組成特別委員會，會同教育部、科技部、文化部調查，認定郭、張等人最多有11篇論文違反學術倫理。
被抓包造假後，教育部祭出重懲，撤銷郭的學術獎資格、追回獎金及研究計畫經費，還被停權8年到10年，台大更因此被扣減5,400萬元年度補助費；而張正琪在3篇造假的論文中，分別擔任第一、第二和第三作者，同樣被認定違反學術倫理，台大更撤銷她的教授證書，5年內不得再申請教職、研究案。科技部則將她停權8年，並追回計畫研究主持費76萬元。
但張正琪否認論文造假，不僅召開記者會、上廣播節目自清，更指控有人在臉書、PTT上留言稱她「號稱北港XX」「每日穿著短裙黑絲襪陪著KML和這些醫生應酬」「坐到大P 的腿上演餵食秀…貼到大P背上、幫大P按摩」「拋夫棄子，和學生大玩男女關係間的情慾流動」等語，對此提告妨害名譽。
北檢調查，這些涉及毀謗的文章是張的陳姓學弟PO文，他也遭到檢察官起訴。但法院開庭審理時，雙方達成和解，張女因而撤告，法院判決公訴不受理。同時張正琪因不服台大相關懲處，自行提起行政訴訟救濟，案件經台北高等行政法院審理後，判她敗訴。
不過事後又有人向北檢告發，指台大最初調查此學術倫理案時，張女明知論文造假卻否認，校方在第一時間卻選擇相信她，讓她繼續擔任教職、主持科技部的研究計畫，明顯涉及圖謀自身利益，涉犯《貪污治罪條例》圖利罪。
檢察官調查認為，圖利罪的構成要件，必須是利用職權機會、身分，圖謀自己或其他私人不法利益，而張女在此案中的角色，並非調查小組的委員，張因此獲不起訴處分。
