原先因為國內疫情平穩加上國際間陸續傳出疫苗副作用，導致民眾接種意願低，陳時中與行政院長蘇貞昌於3月22日疫苗開打首日前往台大醫院示範接種AZ疫苗。事後因疫情爆發、疫苗吃緊的情況下，陳時中到了第二劑建議間隔10至12週仍未接種。
隨著自購疫苗與國外捐贈緩解疫苗短缺情形，媒體就數度詢問陳時中是否有安排接種第二劑的規劃，從6月一開始回應「我可能再等等吧」「如果疫苗數量夠我會去啦，我也不能浪費第一劑」「這段時間有殘餘的我就會去打」，7月初疫情趨穩，才表示「前一波疫苗到現在都還有點剩，大家都比較流行打莫德納，我就打以前的也不錯」。
陳時中今日於疫情記者會被詢問今日接種第二劑疫苗的身體狀況，他笑回「沒有藏得住的祕密」，稱第二劑感覺輕微，可能時間隔比較久，到中午注射部位有些感覺，不清楚晚上會不會發燒，他提及接種第一劑疫苗時，當天晚間有點輕微發燒，還稱坐在一旁的專家諮詢小組召集人張上淳當時燒得比較嚴重。
陳時中指出，昨（15日）COVID-19疫苗接種共24萬2,274人次，人口涵蓋率達19.14%、劑次人口比為19.60%。第三輪「疫苗施打意願登記與預約系統」截至今日下午1時，只選擇AZ疫苗者有23.8萬人、占2.95%，只選莫德納的達419.8萬人、占52.04%，同時選擇兩種疫苗種有363.1萬人、占45.01%；指揮中心延長至下週一（19日）收單，下一輪仍提供AZ疫苗，由於指揮中心未來4輪都提供AZ疫苗，因此堅持打莫德納的半數民眾就要繼續等。
副指揮官陳宗彥昨指出，因應先前測試國內地方政府大規模開打經驗，因此一輪配發110萬劑疫苗。針對有媒體詢問，為何不讓疫苗有多少就打多少，可以先提供64萬劑莫德納給想接種的人？陳時中表示，到貨時間難以掌握，因此僅能不斷精算，加上每天情勢有變化只能以儘快施打為原則，如今使用意願登記系統也想是掌握意願數量，搭配起來更順暢。
陳時中指出，莫德納自購有505萬劑、美國捐贈755萬劑，以每人接種2劑可供375萬人接種，至於是否要混打還須根據事實作調配。至於一定要湊滿110萬劑才開放民眾接種莫德納疫苗的疑慮，陳時中也澄清，並無有留下疫苗湊整數的想法，而是配發上如何讓施打更方便，且需要者也打得到，這確實很困難，很多都是未知，要在已知情況下料想未知的可能性來做分配。
