根據《紐約時報》報導，儘管輝瑞BNT及莫德納皆能有效預防重症及住院病例，但有不少觀察性研究結果指出，2款疫苗確實存在著細微的差異。美國疾病管制與預防中心（CDC）於9月17日發表數據，顯示施打第2劑4個月後，輝瑞BNT防護力從91%下降至77%，而莫德納的防護力並未下降。
美國埃默里大學生物統計學家狄恩（Natalie Dean）表示，「我們的基本假設是，mRNA疫苗功能相似，但隨著時間就會出現差異，雖然差異不大但具有一致性」她強調，2款疫苗預防重症及住院仍非常有效，而接種者年齡、施打地點及2劑間隔時間等都可能影響研究結果。
紐約威爾康奈爾醫學院病毒學家摩爾（John Moore）認為，此差異可能反映出2款疫苗的成分不同，他強調「輝瑞BNT及莫德納預防重症住院的防護力仍然穩定，尤其對65歲以下族群更是如此」摩爾更透露，科學家的最初目標是疫苗防護力達到50%至60%，而如今大家卻在辯論輝瑞BNT及莫德納的防護力差異，他呼籲「接種輝瑞BNT者不須感到驚慌失措」。
另外，美國醫護人員、老年人等優先族群首先接種輝瑞BNT，幾週後才開放注射莫德納，也因為老年人免疫力下降更快，觀察到較年長族群的疫苗防護力衰退，才會給人輝瑞BNT效果更快消失的錯覺。輝瑞資深副總裁葛魯博（Bill Gruber）認為，尚無充足科學數據能夠得出上述結論。
