蔡正元曾因中影案於2017年時住處、阿波羅公司遭搜索，訊後聲押4個月，羈押期滿後，檢方聲請蔡正元具保停押，法院裁定1千萬交保並限制住居、出境。
在本次判決中，蔡正元被控涉嫌於任內業務侵占阿波羅公司資產、挪用款項，以侵占領航基金會款項。北檢依刑法業務侵占、公益侵占、背信、商業會計法等罪名，起訴蔡正元及其妻洪菱霙、岳父洪信行。北檢判定洪菱霙、洪信行涉案部分無罪，僅蔡正元遭判3年6個月，6月可易科罰金，沒收不法所得2億8,032萬元，全案可上訴。
《中時》報導，蔡正元認為判決非常不公平，不合理也不合法，針對被控侵占阿波羅公司款項，他表示，阿波羅公司沒有員工、股東、客戶、銀行貸款，純粹是他的公司，放在阿波羅公司的錢，怎麼會有侵占阿波羅公司的問題，既不合情理也說不通。也表示將會繼續上訴。
