在施明德出面指稱江鵬堅具有調查員身分後，駐日代表謝長廷、江鵬堅遺孀等人均做出回應，駁斥施明德的說法，不過施明德仍未改口，並再舉例證明自己所述為真。
施明德指出，江鵬堅在2000年時和他相約餐敘，婉拒其他民進黨人加入，罹病來日無多的江當天向他誠懇告白，表明自己具有調查員身分，且奉命監視施的大哥施明正，同時也坦承地說，自己沒有害過任何一個黨外或民進黨的朋友，還把當年情治單位搜集的資料寄給他，「這些資料，不是一般正常人所能、所會搜集的資料。」；而在10年後，江的遺孀在整理家中物品時，曾聯繫施明正的女兒去取回施明正的手稿，施明德表示，這是前後相差10年，2件不相干的事。
施明德表示，江鵬堅在人生最後做出那麼誠懇的人性懺悔，替自己的生命譜寫了最後一首高貴的詩篇，卻被一群無力跟上他腳步的人、沒有人格高度，或想繼續混跡政壇的人所踐踏，「美其名是替江先生『伸張正義』，其實是想維護自己的利益。」
施明德認為，民進黨人這麼喜歡抨擊國民黨殘害忠良的特務統治，為什麼現在又跳出來說江鵬堅不是特務，「難道數十年來，你們都錯怪國民黨了嗎？」怒嗆民進黨人「你們這些人到底在怕什麼？」
話鋒一轉，施明德再談跳出來幫忙講話的國史館館長陳儀深。施明德說，他剛出獄不久後，曾被管碧玲與許陽明夫婦再三遊說，請他幫忙他們的朋友陳儀深向中央研究院院長李遠哲關說，因為陳儀深研究成績不彰，面臨不被續聘的危機。施明德受了許陽明夫婦的請託去拜會李遠哲，才讓陳儀深留在中研院。
施明德說，自己對於陳儀深的研究非常不以為然，更指出前立委、《疾風》雜誌總編輯李勝峯曾親自告訴他，陳儀深是當年他在政大的反台獨「三劍客」，如今陳的立場轉換，讓李勝峯納悶「到底那一個陳儀深，才是真正的陳儀深？」
綜合媒體報導，陳儀深昨駁斥施的說法，表示自己參與社運及撰寫228論文時差點發生意外，這些在他的研究作品裡都有紀錄。而當年他參與籌備台教會不久，該會主要幹部皆支持施明德，若施明德因此幫忙關切他的不續聘案，他很感謝，但他也強調，當時的中研院長並不是李遠哲；被施明德點名爆料的李勝峯則否認反台獨「三劍客」的說法，只說在研究所時期陳的色彩偏藍，後來為何改變他不得而知。
陳儀深在中研院近代史研究所擔任副研究員、研究員期間為1988年至2019年，施明德於1990年5月出獄，台教會1990年12月成立，若不續聘案發生在1990年左右，當時的中研院院長應為吳大猷；李遠哲於1994年上任。
