除了雙方隔空交火，判決出爐後，辦案團隊也直呼太瞎，質疑院方判決無罪的理由自相矛盾，漏洞百出，包括馬英九並非三中董事，不具《證交法》背信罪身分、全案錄音過程屬商業話術或情緒發言、法院對公司經營者的交易資訊尊重，不介入商業決策等三大關鍵。
檢方雖尚未收到判決書，但辦案團隊已著手準備上訴資料，據本刊掌握，目前已知羅列至少五大上訴理由，首先是馬英九雖未掛名三中負責人或經理人，但以黨主席之尊，直接透過黨營事業中投公司董事長張哲琛、總經理汪海清操盤三中交易案，具有決策控制力。
檢方上訴的第二大理由是高達200多片錄音光碟檔案，可證明馬英九偏袒特定買家，就連汪海清都知道觸法，就在國民黨內部討論交易案時，眾人七嘴八舌講到中時集團前董座余建新要的favor（好處）時，馬英九突然說：「中視這個交易讓他得到適當的一個利潤？」
汪海清接話：「回饋啦！」馬立即說：「回饋啦，鑑於各種複雜狀況，可以合理接受的。」並說：「不能超過這個限度，他現在有超過這個限度嗎？」上了談判桌後，雙方仍不歡而散，馬留下來繼續與中投高層討論，態度立即大轉變說：「現在一定要找出一個方法，雙方可以接受，就是基本上不違法，然後能夠走完的，就這麼簡單嘛！」
雖然馬英九嘴巴說不能違法，但最後他仍以黨主席身分，批准中投設計的天龍八步架構來完成交易，回到當初回饋余建新的4.8億元原點，更加證明他明知不能違法，最後卻還硬要回饋余建新的犯罪事實。
第三個上訴方向是，中投及光華公司對外發行公司債，屬《證交法》規範的有價證券，加上《證交法》非常規交易及特別背信罪的立法理由，即為防止經營者或有決策影響力者，將公司資產輸送給特定人，或損害公司利益的交易，依學說見解，即使不具有董事、監察人或經理人身分，仍適用相關法令。
由於三中都是黨營事業，馬英九表面上沒掛名董事長，但核心主管由馬以主席身分任命，比前總統陳水扁被判有罪的實質影響力還更具影響力，尤其余建新認為談判過程屢遭中投刁難，三番二次找馬抱怨，加上中投高層事事都跟馬報告，在在顯示馬英九才是最終的決定者，馬一度也稱不能用低於市場的行情把中視賣給余建新，讓余獲得近五億元的暴利，但他嘴巴說一套，最後還是批准交易案。
第四個則是馬英九具有違法性認識，根據錄音顯示，余建新上了談判桌，強硬地對馬英九等人表態：「我不同意這樣子…操盤不是我操盤，貸不是我貸，前後、中間所有一大堆都是處理中投的資產，中間有8個步驟，裡面…什麼東西，這麼長的時間，嘿，做人公道點。」他邊講還邊猛敲桌子，不時傳出叩叩叩叩的聲響，並一度放狠話嗆馬「以後大家有得搞了…」
後來汪海清打圓場，補上一句：「我一開始就講得很清楚，這個方案做下去也有風險，沒有百分之百…」馬英九則說：「假如說這個方案也有問題，也有可能違法的問題…我一路走來從不做違法的事…」余建新立刻向馬英九說：「主席…今天我們就到這邊…我不會輕言說放棄這個事情…這裡面對我影響太大了，對我傷害太大了…你搞了7個月，我按照你的方式做…」語畢憤而離席，顯見馬英九明知交易案有違法風險，最後還是批准，明明是自己挖坑給自己跳，等到醜事東窗事發，才左批綠營政治追殺，右批北檢是東廠。
第五則是馬英九屢屢搬出《廣電法》為擋箭牌，堅稱若未遵循黨政軍退出媒體的法令規範，中視及中廣將被撤照，甚至還稱在該法將實施的時空背景下，以合理的價格賣出黨產，看似合情合理。不過，其實當時該法尚未立法通過，馬英九在三中內部會議的錄音也多次提到此事，只是以高標準自我要求。
目前檢方已做好萬全準備，只要收到判決書，立即分工撰寫上訴書，高檢署也會派出重兵，打造更強悍的公訴團隊，將戰場拉到高院，屆時馬英九是否無罪，有待司法一一檢驗。
