Omicron變種病毒首次於11月中旬於波札那發現，並南非東北部豪登省快速傳播，目前該變異株擴散全球至少4地，包含南非77例、波札那4例、香港2例、以色列1例。指揮中心發言人莊人祥先前指出，該病毒株初步證據顯示，比其他變異株更容易出現「重複感染特性」，目前世界衛生組織專家針對其傳染性、感染嚴重度及相關治療措施研究中，可能需要幾週才能確定。
面對來勢洶洶的Omicron變種病毒，談起現行檢疫措施，台大兒童醫院院長黃立民認為維持14天隔離檢疫，且目前尚未出現Omicron病毒，還不用做出太大的變化，「疫苗該打就繼續打，不用太過緊張」，不過參與相關大型活動仍要「全程好好配戴好口罩」。台大公衛教授陳秀熙則建議「基因定序」「高規格邊境管制」及「檢驗中和抗體」3大策略守住邊境。
因此，從今提升為「重點高風險國家」，旅客過去14天內有其旅遊史（含在當地轉機），入境後須入住集中檢疫所完成14天隔離檢疫，且配合專案採檢（到所、期滿）及續行7天自主健康管理（第6至7天公費家用快篩1次），上述旅客不需支付集中檢疫所及採檢費用，亦不適用7+7+7、10+4+7之春節專案。
此外，國籍航空公司機組員若自「重點高風險國家」航線航班（含轉機）返台後，應入住防疫旅宿或符合規定之公司宿舍檢疫14天，且配合入境、檢疫期滿進行PCR檢測，並續行7天自主健康管理。
