潘忠政表示，這是人民共同複決的結果，雖然很難，但必須謙卑接受這個結果，雖然公投失敗了，但是藻礁保育運動一路走來也累積了豐碩結果，支持藻礁的夥伴可以難過，但是沒有氣餒的本錢，因為在藻礁保育上還有很多未盡之事，會持續監督、觀察中油三接，也呼籲政府應積極檢討或執行有關能源轉型政策的規劃。
潘忠政指出，這是一次沒有綁大選的公投，由於不涉及政權更迭，原本是公民討論公共政策的絕佳契機，但執政黨出於藍綠對決的興奮或恐慌慣性，在最後1個月政府大內宣，漠視行政中立、操弄南北對立及恐懼情緒，並訴諸抗中保台、扭曲公投主文等行為都非常離譜，即使是執政黨內有心懷理想的夥伴，對於執政黨決策者的盲動也毫無批判聲音。
潘忠政感嘆，台灣好不容易走出威權獨裁、讓黨政軍退出媒體、迎來民主多元，如今新黨國的威權卻如霧霾般逐漸籠罩台灣，「這需要每位公民的覺醒，如果沒有行動，無法期待生活平安、歲月靜好。」認為政府沒辦法保持中立、公開公正地把正確資訊提供給人民思辯判斷，這個國家的價值觀會被改變、進入混亂，「到底該追求真相，還是隨著錯誤資訊投下錯誤一票」，他對這部分感到遺憾。
潘忠政認為，這次公投結果跟過去民調顯示有很大落差，主要就是政府投入很大的資源、像選舉一樣豪華的方式，可以進入社區小據點拉票，但藻礁團隊只能利用「空戰」在網路上分享，這部分有滿大的影響，並指出看到執政黨強調自己是台灣隊，似乎帶有「他們是，我們就不是」的意味，公投沒過好像就是台灣隊贏了，但他認為，就算今天公投過關也是台灣隊獲勝，「因為我們通通在這塊土地上」。
潘忠政表示藻礁已經歷了12年的努力，雖然失敗了，但沒有大家的支持也走不到今天，謝謝每位專家學者、律師、年輕學子志工、70萬連署成案的公民，也謝謝每位投票的公民，一起關懷藻礁、關懷環境、關懷台灣，雖然對這次公投結果有些失望，但台灣環境從來就是一條艱難路，但可以走到公投、讓全民一起面對台灣環境未來要怎麼走下去，這場公投已是另一個環境保護的起點。
潘忠政樂觀表示，會把目標往前看，公投結束代表告一段落了，會先休息一段時間，但不會停止對台灣環境的保護，大家先休息一下，把過去的疲累調節一下再繼續，強調這是全民運動，沒有結束的時候，隨時整隊再出發。
