不僅如此，國稅局也查出，孔二小姐在1994年10月19至24日，將出售股票所得的資金分成5筆，以投資名義，將1億2,000萬元從中國國際商業銀行城中分行匯往美國，受款人均為NEW ENERGY DEVELOPMENT CORPORATION（新能源開發公司），收款的銀行則為TEXAS COMMERCE BANK,HOUSTON,TEXAS（位於德州休士頓的德州商業銀行）。
弔詭的是，根據振興醫院醫治孔二小姐的病歷記載，上述時間孔的病情已經惡化，時而清醒，時而嗜睡，去世前1、2週病情告急，意識呈現昏迷的狀態。國稅局因此認定，孔去世前1個月的重病期間，密集委託他人提款、出售股票或把錢存入他人戶頭，再加上漏報的投資及銀行存款，遺產絕對不只6,000萬元，至少應有2億8,000萬元。
由於孔令偉沒有子女，父母也已過世，國稅局於是要求唯一繼承人，也就是她的姊姊孔令儀，必須繳納1億2,000萬元遺產稅及2,800萬元罰款，共約1億5,000萬元。
當時久居美國、年逾90歲，同樣沒有子女的孔令儀無法接受，委任知名律師陳長文提起行政訴訟，並向法院表示，她有美國政府出具的書面證據，證明自己並未擁有妹妹的資產，但法院還是判她敗訴。
孔令儀不服，繼續上訴，2007年最高行政法院認定，孔令偉去世前狀態不佳，不具有處理如此龐大資產的能力，也就是說孔令儀在法律上的「協力義務」已經產生，國稅局將相關資產納入孔令偉的遺產並無違誤。至於孔令儀強調「未擁有妹妹的財產」，法院則認為沒有說服力，因為大筆資金從台灣匯出是事實，因此維持原判決定讞。
