柯文哲在元旦升旗典禮疑似獨自站在寒風中40分鐘，引發民眾黨發言人、黨籍立委輪番總統府，認為府方刻意安排不讓柯進府內，更質疑背後有政治考量，是為了羞辱柯文哲，要求道歉；柯的副手黃珊珊也批，國家重要典禮競用防疫人數限制，不讓首都市長進府，讓她很無言。
總統府發言人張惇涵昨（2日）二度發出聲明稿說明，還原當天情況，事實上，柯文哲並非獨自一人站在活動現場，在他身旁不遠處還有跟他差不多時間到場的立法院長游錫堃、監察院長陳菊等人，會看起來好像是柯文哲自己站在場中央，是因為他身旁的空位是主辦單位5大醫界代表和總統、副總統要稍晚才會進場，澄清絕非刻意讓柯一人晾在場上閱兵，也請府祕書長李大維致電柯文哲代表總統府致意，也強調感謝柯的蒞臨。
柯文哲昨受訪時表示，當下只覺得怪怪的，怎麼旁邊沒有人，但覺得事情過了就算了。未料民眾黨仍持續在臉書發文，為此重砲砲轟蔡政府。柯文哲今（3日）在熊好券抽獎記者會後被問到，是否認為政府該為當天的安排向他道歉，柯文哲說，以自己的個性，他們如果叫他去那邊站他就會去那邊站，「我也不會囉哩八唆的啦，我也不會去在意，不會去小題大作」，他話鋒一轉表示，「我倒覺得很奇怪，當事人都無所謂了，為什麼好像大家攏按呢（都這樣）…」直言他感覺這些爭議好像是有些人喜歡「興風作浪」。
柯文哲說，台灣要做的事情太多了，不要浪費大家的時間，「我都不在意了，你們旁邊的人很奇怪，這麼熱烈幹什麼？」有記者會問到，爭執最用力的好像是民眾黨，柯的話是否在說自己人？柯表示，人活在世界上沒有必要每樣東西都去計較，「就算他安排怪怪的，過去就算了，奇怪，台灣是沒其他事情可以做是不是？」因此他昨天已透過LINE向黨內宣布，不准再針對此事發言了。
