《華爾街日報》指出，東方航空MU5735班機在事發當時從巡航高度突然下墜，高速撞擊廣西壯族自治區一處山區，由於主導調查此案的中國主管機關目前尚未提出MU5735有機械或飛行控制問題，一名知情人士透露，參與調查的美方官員透過黑盒子資料初判，是有人刻意操作造成事故，並將焦點鎖定機師行為，亦不排除有其他人闖進駕駛艙，蓄意讓飛機墜落。
但東方航空澄清，沒有新證據顯示失事班機存在任何問題，並重申事發後第一時間的說法，表示失事班機的機師身體健康、家庭和睦、財務狀況良好，至於有人闖進駕駛艙的情況則是「不太可能發生」，直指任何臆測都可能妨礙事故調查，影響全球航空運輸產業實質發展。
另外，中國民航局曾表示，調查若有重大進展會及時公布，並已完成初步調查報告，但僅在4月20日提供摘要，沒有完整公開，知情人士則指出，中國主管機關尚未示意美方何時能公布官方調查結果。據悉，事故調查單位可能須耗時1年以上才會公布最終結論。
《環球時報》報導，中國民航局向美國國家運輸安全委員會參與事故調查人員確認，對方明確表示並未向任何媒體發布有關調查訊息，強調他們嚴格遵循《國際民用航空公約》與中國民航局合作。中國民航局也持續為查明事故原因提供專業技術支持，另透露目前已深入展開殘骸識別、分類及檢查、飛行數據分析、實驗驗證等相關工作。
