賴清德11日低調前往日本，當時被日本媒體拍到他與駐日代表謝長廷現身安倍晉三的家中弔唁，據外交部指出，賴清德此行為私人行程，應為安倍家屬的私下邀約，以避免因政治因素影響弔唁行程。
安倍家屬在12日於東京增上寺為安倍晉三舉辦家祭，然而這天卻只有賴清德現身，不見謝長廷人影。金美齡事後受訪稱，賴清德自己落單在增上寺的會場附近，沒有人帶他，質疑駐日代表沒做事，還好自己跟安倍的祕書關係很好，遇到賴清德後便請人幫他協調座位。賴清德告知她謝長廷另有行程，金美齡還酸：「這很好笑啊，這麼重要的場合不來，日本或哪裡的行程可以取消吧。」
對於金美齡的說法，謝長廷時隔多日終於在臉書發文回應，說明賴清德的赴日行程幕後工作。謝長廷表示，賴清德此行的確是應安倍家屬之邀，日方定位為特例、私人行程，7月11日下午1點半一出機場，即由自己陪同直奔喪宅，家屬還為此延遲原定於下午2點入殮時間。「我們在喪宅瞻仰遺容，看到安倍先生最後一面後，退在旁邊雙手合十目送大體下樓移上靈車。」待安倍的靈柩離開，賴清德先後向在場的安倍家屬昭惠夫人、母親洋子夫人、大哥寬信先生、弟岸信夫先生等一一致意，並在家屬同意後拍照留念，結束後才離開敬禮現場。
由於當時距離下午5點半的公祭還有一點時間，謝長廷便先請賴清德到駐日代表處休息，他自己則抽空參加桃園觀音和千葉縣銚子市的友好備忘錄線上簽訂儀式。下午5點時，增上寺的公祭現場已大排長龍，又傳出中國駐日大使會在6點去上香，他們認為最好避開以免被媒體作文章、轉移弔唁焦點，因此決定於5點15分提前出發。抵達現場時，家屬要他們直接前往上香的室內場地，他們在上香後照原定計畫於5點45分離開。
隔日，即7月12日，安倍家屬在增上寺舉辦家祭，家屬也邀請了賴清德。謝長廷指出，家祭是親人或視同親人的密友參加，他自己沒有受邀就不方便出現，因此就和賴清德商量接送程序，他則去參加原本已經請人代理的2個行程。
謝長廷指出，賴清德在家祭當天搭乘代表處安排的車子到增上寺門口，賴清德辦公室的機要專委下車，換成家屬派的友人上車，他們一同坐車到會場，便在會場門口遇到金美齡，金美齡熱情挽著賴清德的手進入會場，並向在場貴賓介紹賴清德，還特別向昭惠夫人介紹，但謝長廷說：「其實都已經見面幾次了。不知為何家屬前一天沒有通知她。」
謝長廷表示，賴清德本次赴日弔唁行程表現得誠懇、自制、低調，是成熟的政治人物，值得肯定，例如避免和中國大使碰面、避免有關單位困擾，以及婉拒議員朋友吃飯邀約等等，在家祭現場時被介紹時也只收名片，並表示自己沒帶名片後就迅速入座，「家祭現場這樣很得體，大家都可以諒解」。
謝長廷說，金美齡早年被政府列為黑名單，他可以理解金美齡對駐日單位有刻板印象，「我年歲已大，可以罵我的長輩越來越少了，她多我12歲，罵我幾句無妨」，但他不希望駐日同仁為賴清德悼慰之行所付出的努力，因為金美齡心急的誤會而被抹煞。
他透露，駐日代表處是10日下午才知道賴清德要來，「當天是星期日，又是參議員投票日，同仁為處理入境、行程、飯店、交通、路線等手續，不眠不休開了幾次會，全力協助」，且家祭當天賴清德身旁的就是安倍家屬的友人，也是幫忙擔任翻譯，一旁聯絡車子的則是代表處的組長。謝長廷認為，這些雖是份內該做的事，但不能被說成是沒有做事。
