林智堅在中華大學和台大國發所的碩、博士論文近日都陷入抄襲爭議，校方也展開相關調查，其中林的國發所論文被控抄襲調查員余正煌的作品，不過林智堅事後澄清余的論文民調資料是自己提供，只是自己比較晚畢業，而余亦有在論文謝詞中感謝自己，連林的指導教授陳明通都出面背書林的論文為原創。
不過，北市議員王鴻薇則認為，兩篇論文內容有許多相似之處，連錯字都一樣，既然如此要給余解釋機會，便向台大發檢舉信指控余正煌抄襲。事後余正煌則透過律師事務所發表聲明稱：「本人之論文均按照學術規範自行撰寫完成，未有任何抄襲之情事。」
而林智堅則再度澄清稱自己的論文和余正煌論文相比，使用第一人稱、在研究架構與變數等方面更能看出原創，兩人論文相似是因為指導教授相同，林智堅競選辦公室發言人黃韋鈞亦指他們只是捍衛自己清白，沒有指控任何人抄襲。
不過，隨後余正煌的委任律師曾威凱就在記者會上開砲，稱林智堅論文的原創性是在政治上而非學術上，「抄襲就是抄襲」，批林智堅的說法對台灣學術界是很大汙辱。曾凱威還舉例，兩人論文中某一段相同內容，余正煌有註明引用但林智堅沒有，此點足以證明余並非抄襲，而林未引述的作法，就算不是抄襲余，也是抄襲其他作者的成果。
對此，今日林智堅與鄭文燦赴龍潭區龍元宮參香祭拜，提到此事，林智堅回應稱，當初就是自己出於善意，提供民調資料給論文卡關的同學（指余正煌），兩本論文雷同的地方是在指導教授的研究設計架構下產生，沒想到事情發展至此，直呼這是大家所不樂見的，還嘆自己像是「好心被雷親」。
而鄭文燦也力挺林智堅稱，林智堅並不認識余正煌，因為對方要換論文題目被否決又想畢業，教授陳明通才會把林智堅的民調資料與論文架構給余參考，時序上就是如此。
鄭文燦更指，如果沒有林智堅提供資料、把民調內容抽掉，余的論文是沒有任何基礎的，也絕對寫不出來，該論文的民調資料與研究方法設計是由陳明通提供給余正煌，是無法改變的事實，也直呼余正煌「前面感謝，後面拆橋」亦不符學術倫理。
不過，近來頻傳民進黨內有「換堅」聲浪，今本來總統蔡英文也要一同出席祭拜活動，卻臨時不來，被外界解讀是不挺林智堅。對此林智堅則回應稱，蔡英文是因國務繁重不克前來，但有叮囑自己要幫忙跟主委及鄉親說抱歉。至於「換堅」聲浪林智堅則稱是假議題，指國民黨製造的假議題不會得逞。
