中國海關總署近日先後以註冊訊息不完整、文字審查未通過為由，先後禁了台灣的水產品和糖果餅乾、酒類產品等，外界質疑衛福部食藥屬未協助業者配合中國的註冊登記，才導致審查沒過關。
食藥署駁斥這一說法，強調在中國要求相關文件註冊後，他們第一時間即全面通知輸中業者依限補件，並立即啟動專人專線專區一站式服務，全力提供協助，但中國仍以不明確的說詞為由，通知審查未過，「食藥署數次通聯中國，要求提供註冊文件審查標準、諮詢窗口及恢復註冊系統使用權限，中方均已讀不回，不予回應。」
衛福部今進一步召開跨部會記者會，針對此一情況作出說明。根據中方說法，台灣產品被禁止輸入的原因共有7大項，其中以文字不符合要求最多，有621件，生產許可不符要求有499件、企業申請書不符要求396件等等。
衛福部次長王必勝指出，中國官方提出暫停運輸的原因表面上看起來不同，但也許都是相同的，他們作為審核的一方，沒有明確告知哪些是可以、哪些不可以，標準不明，他們比對有通過和未通過審查的業者，也找不出邏輯。衛福部多次問過為何文字審查不符合，中方沒有回應，他們也無法去複製其他成功的經驗。
有人推測，是否中方要求產地必須寫「中國台灣」才能審查通過？王必勝表示，這只是推測，他們也曾經想過可能與產地登記有關，但中國並沒有公開這樣回覆，而且也有業者將產地登記寫為中國台灣，一樣沒有通過審核許可。
此外，前總統馬英九近日針對此一問題問政府為何不透過ECFA等現有的溝通管道去處理？食藥署署長吳秀梅回應表示，這次的窗口就是使用兩岸食品安全協議窗口，過去相關問題也是用此管道溝通，只是常被「已讀不回」，許多管道中方幾乎都已經停擺。
吳秀梅說，未來會持續向中國要求，讓台灣業者使用線上註冊系統，並持續向中方溝通，希望審查程序應公開透明。王必勝指出，目前暫停進口業者約2,400家，其中還有600家仍在努力希望補件，他們希望中國可以告訴我們不符規定的地方和原因，才能讓我們輔導廠商去補件。至於中國此舉是否有政治上的打壓，他則留給大家去做評斷。
