《查無犯罪事實》雖是從陳文成命案發想，但鄭心媚強調命案只是楔子，劇本也非單純刑偵故事，主要是用「社會派推理」脈絡，探索犯罪的社會根源。「相較命案本身，我更想探討為何會發生陳文成命案？所以撰寫劇本時，我先建構1960、70年代台灣的時代背景、社會文化及政治權力結構，這些因素如何交織影響，進而推演我認為的命案發生原因。」
鄭心媚分析，目前談白色恐怖的作品，較多是陳述受害者情境。「但我會想知道加害者是如何生成？以及他們的心態，為何能看似理所當然的去做這些事？加害者如果知道對方無罪，卻背負這個殺人罪2、30年歲月，今日又會怎麼處理內心這塊缺口？」
「故事核心想呈現的是『轉型正義』。」鄭心媚解釋，劇情會設定從今時發生的命案，去挖掘出過去的命案，以及把「現在」與「回憶」交錯呈現，「都是要告訴讀者如果沒有轉型正義、讓過往的未解真相披露，會造成後續問題不斷的發生。」
