詹家龍解釋，由於紫斑蝶的動作飛快，用4K、每秒1000格的高速攝影機來拍，才能把牠的動作「凝結」起來，呈現最細微的變化。另外，為了拍攝紫斑蝶產卵，或雄蝶在求偶、嚇退天敵時，使用尾部末端黃色球狀「毛筆器」構造等過程，也運用顯微攝影。
詹家龍表示：「因某些高速攝影和顯微攝影拍攝時，連風都不能有，一定要在封閉環境。」他的工作室裡，就設有小型棚景，用來拍攝這類細部特寫。因為需要更強的燈光，拍攝時往往要戴墨鏡，否則眼睛會受傷。有時拍攝也動用三腳架與雲台做顯微鏡頭的運鏡，讓畫面更生動。拍片使用的三腳架跟雲台屬於好萊塢等級，雖是二手貨但也要價約10萬元。而在拍攝前，還要先養蝴蝶、算準產卵時間等，並考慮如何搭配綠幕做後製特效。
相較其他台灣生態紀錄片，《消失的紫斑蝶》更偏重解說與教育，且以兒童觀眾為主要考量。對此，詹家龍希望影片有娛樂性，並指出，生態紀錄片有兩個特殊的地方，一是以畫面表現自然界的奇觀，另一個則是教育意義。「我們希望以輕鬆有趣的方式，達到教育功能。」
劇本部分，由曾以《千年一問》入圍金馬獎最佳紀錄片的王婉柔執筆，同時邀請歌手安溥講述旁白。詹家龍透露，劇本採用第二人稱敘事，因為以蝴蝶的第一人稱角度說話，顯得滑稽；第三人稱又可能造成觀眾與蝴蝶的距離感；第二人稱因稱蝴蝶為「你」，對話般的感覺，讓觀眾容易親近，進而了解。
