市長黃偉哲表示，為避免影響農民耕作權利，除園區周界設立隔離綠帶外，並於有機農民耕作一側再加大區隔範圍，最高至130公尺以上，另於園區保護生態方面，保留2公頃的塊狀綠地，提供棲地復育及棲地補償，同時規劃原地保留部分喬木，營造生態棲地。此外於南沙崙農場46耕區 (約15公頃) 規劃為樹木銀行，以供喬木區外移植之用，本園區既有喬木將全數原地保留及區外移植台糖土地 （成立樹木銀行）進行保留，並未砍樹。
至於園區淹水及排水議題，以環境營造兼顧防洪減災，園區規劃設置滯洪池，已將基地淹水補償體積納入滯洪體積計算，不致增加港尾溝溪之排水負荷；另考量因應極端降雨，設置簡易抽水設施作為緊急應變使用。
為了降低空氣污染環保衝擊，引進低污染、排除具有管道排放、符合健康風險評估無關聯原則產業為主，並以老舊機車汰換電動車、淘汰柴油公車為電動車及餐飲業加裝防制設備等項目進行抵換，共同為保護環境盡份心力。
經發局長林榮川表示，園區開發申請期間，仍將持續與在地鄰里做溝通，接納參酌里民及鄰近有機農場意見，期間當地大武崙綠能園區促進會及多位里長提送約1千200份「要環保也要發展」支持聯署書，市府再次研討縮小規模、降低三分之一開挖填土量與加強改善淹水防洪設施，雖提高開發成本，但希望盡力維護當地自然景觀，在經濟發展與環境生態下共創雙贏。
