釣魚台主權所屬問題長年在台、日、中之間爭論，柯文哲在日本受訪時談到此一話題時，避談主權議題，稱台灣的漁民不是要爭這塊土地，而是希望能在那邊捕魚。
柯文哲這番話引發台灣輿論熱議，他7日再度受訪回應表示，是希望先解決民生問題，有爭議的後面再解決，不要為了主權讓漁民也無法捕魚。
侯友宜競辦昨深夜針對柯文哲的說法做出回應，聲明中強調，「釣魚台是中華民國領土，這是事實」，認為國家元首應該全力捍衛國家領土，堅持國家主權，沒有任何退讓的空間；並表示有領土才有領海、經濟海域，才能讓我國漁民自由、安全捕魚。
侯辦也提到，馬英九政府時期與日本簽署的「台日漁業協議」應該積極落實，在釣魚台的主權問題未解之前，才能以此保障台灣漁民作業不受外力干擾。
