針對校方擬處理人事案，楊智慧透過律師發函，指義大醫院杜元坤院長膝軟骨層片之特管法臨床成果資料，原本僅計劃主持人杜元坤院長及協同主持人楊智惠教授有權使用。杜寄信給她稱，義大醫院和三顧公司合作的膝蓋軟骨層片治療特管法，完成病例追蹤有顯著進展；但三顧公司向「經濟部科技研究發展專案產業升級創新平台輔導計劃」，裡面提到「膝軟骨細胞治療技術銜接細胞治療製劑開發計劃」的臨床資料，實際是義大醫院通過HTO的研究資料，杜院長要求楊智惠詳查究竟。
律師函指出，她於三顧公司及樂迦公司借調任時期，因發現兩家公司經營理念不合，分別去年7月18日及同年9月20日向三顧、樂迦公司提出辭任書。同年9月26日以LINE向校長陳振遠報告離職及後續轉任股東公司等借調事宜，校長亦給予關懷。
律師函續指，楊智惠辭任後，三顧公司仍邀請繼續擔任董事，義守大學與樂迦公司簽訂三方借調合約書有效期間至2025年1月31日止，且明定合約終止應由「甲乙丙三方於執行期間內，若任一方擬提前終止合約時，應於30日前以書面通知其他兩方」，樂迦公司迄今未向她及義守大學提出終止借調合約支付給學校第二期學術回饋金期限也尚未期滿，她仍是義守大學核准通過的借調期間。
楊智惠主張，她在核准借調期間，都依學校內部程序上簽呈核准，未違反教師借調處理要點及義守大學教職員留職停薪辦法；借調期間認真盡責，指導生科系博碩士研究生及專題學生研究，亦以教職員身分參加國家新創獎獲獎，引進國際生獎學金及人才培育產學合作方案，對義守大學頗有貢獻，期盼義守大學各級教評會審慎審酌借調案。
