太魯閣號再搜出遺骨一事引發檢警單位以及台鐵等部門對於搜查程序疏漏之質疑，昨日行政院副院長鄭文燦召集交通部、台鐵局、運安會、法務部、衛福部和內政部等單位開會，會後發言人林子倫也轉述會議內容，並向家屬致歉。林子倫指出，會請台鐵局擔任關懷小組與家屬聯繫，主動協助遺物歸還等事宜。
會中鄭文燦也指示幾項移交清點機制，包括與會單位須儘速就轄區內事故車廂進行地毯式清查，確認是否尚有疑似人類骨骼及有無旅客、被害人之遺留物品，尋獲之遺骸移交桃園地檢署、基隆地檢署比對身分，再交由花蓮地檢署聯絡家屬，依家屬意願決定是否領取或如何領取。另外非屬車廂物品，不能僅是上網公告，要主動聯繫家屬，成立單一窗口受理諮詢，物品發還方式、程序訂立明確規範，協助家屬認領等。
而今日行政院記者會後，台鐵局長杜微受訪，被問到案件何時可以處理完畢？表示昨天會後就透過關懷小組就車廂沒能確實清理向家屬致歉，9月1日和4日從車廂清理出來的遺留物168件都已經上網公告，也主動聯繫家屬協助認領，目前已經有8件認領完畢。
對事故車廂，杜微表示依照SOP在檢調調查完後會有交付動作，台鐵局會和相關單位以及家屬再進行一次總整理，完成後再來做車廂的保留。至於行政院稱會以誠摯方式向家屬道歉，是透過何種方式？杜微表示會透過關懷小組，並稱小組本就和家屬以及關心事故的團體有聯絡，會透過關懷小組的網絡，包括LINE或者是致電表達關切和歉意。
林子倫今受訪也再度致歉，表示事件發生2年後再次於車廂發現遺骸及遺物，「再次向家屬表達最誠摯的歉意」，昨天行政院已經指示相關部會以最快速度檢討及處置，並將遺物歸還家屬，目前政府的當務之急，為釐清情況、確保家屬權益受到最妥善保障。
