柯日前遭質疑任內修改「建築施工損鄰事件爭議處理規則」，反讓建商可球員兼裁判，柯當時回批，民進黨要打的話自己要小心，「要不要把台南跟高雄拿出來看看？」台南市長黃偉哲隨後則表示，柯的說法背離事實，是汙名化高雄和台南。
對此，柯今再度回應，鄰損的問題，「他說是我什麼放水，奇怪怎麼可能，其實你把前後的條文調出來看，就很清楚，在我任內是變得比較嚴格」，以前是建商「得」去檢查鄰居現況，他任內把它改成「應」，如果對法律名詞比較熟悉的就知道，「得」是可做可不做，「應」是一定要做，所以建商的義務，他一定要去檢查鄰居的現況。
柯表示，他任內也增加了行政指導，必須送都發局備查，案子都發局一定有紀錄，再來，以前是由起造人或承造人擇期去處理，現在不一樣，現在是14天內要會勘，所以「我的時代定的法律是比較嚴格的，所以怎麼會說我在放水？建議有批評的議員再換一副眼鏡，其實他們要換的是一副良心，明明知道不是，故意要去害人！」
