2013年6月17日下午，一名住在高雄甲仙的獵人聽說六義山登山口有山豬出沒，因此上山設置陷阱，沒想到卻在產業道路下方的山坡，發現一個用床單包裹的長條形物體，他走近一看，驚見一顆腐爛的頭顱，嚇得急忙報警。
警方到場初步勘驗，發現死者的臉部被膠帶纏繞，五官無法辨識，身上沒有任何證件，推估已死亡一個月；法醫相驗後則發現，死者腦門中央有彈孔，解剖後確認子彈還卡在頭骨，且腿骨、肋骨也有多處破裂，懷疑生前遭人凌虐毆打，最後遭槍決身亡。
警方本來要進一步採集DNA送驗，但因死亡多時，可送檢的檢體數太少，無法比對。不過，在包裹屍體的床單找到一張洗衣店的條碼，讓警方燃起希望，派人訪查高雄、屏東、台南一帶的洗衣店，希望找到線索，但找了200、300家，卻一無所獲。
為了緝凶，警方同步調閱棄屍現場附近的路口監視器比對可疑車輛，但因案發已久，資料數龐大，根本找不到關鍵線索，偵辦陷入膠著。但警方沒有放棄，透過媒體公布死者特徵，希望至少先掌握死者的身分。
幾天後，警方接到一通來自台南的電話，報案人A先生告訴警方，他看到新聞報導甲仙棄屍案，懷疑死者是他失聯一個月的W姓友人。警方進一步追問W男的特徵，A先生告訴警方，W男有入珠；由於法醫相驗時，的確在死者下腹部發現9顆玻璃珠，與A先生的說法吻合，讓警方士氣大振。
為了進一步查證，警方除了派人前往台南和A先生見面，並透過對方聯繫W男的女友，掌握W男住在台南永康一處透天厝，於是會同其女友趕赴現場。W男的女友告訴警方，男友已失聯一個月，銀色BMW轎車也不見，警方找來房東開門，結果發現客廳的音響、電視等家電全都不翼而飛，臥室床上的棉被和床罩也不見蹤影，但留下的抱枕花色，和包裹屍體的床單一模一樣。
鑑識人員隨後到場採證，在地板上發現細小的點狀血跡，就連電扇、椅背也有噴濺的血跡反應。因W男有前科，之前被警方逮捕時，曾留下血液等檢體，送驗比對後，證實血跡就是他所留下。但讓警方頭痛的是，因屍體腐壞嚴重，難以鑑定DNA，所幸警方最後以牙齒再做一次鑑定，終於確認死者就是失蹤的W男。
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