花蓮地檢署指出，獲悉太魯閣號事故車廂新發現遺骨的鑑識比對結果後，立即於2024年9月19日，由檢察長郭景東邀集犯罪被害人保護協會花蓮分會、台鐵局花蓮站站長及本署相關科室主管，共同討論研擬相關聯絡及 發還事宜，隔日（20日）主動聯繫與比對結果相符的所有被害人家屬，並逐一告知鑑識結果，同時在尊重被害人家屬意願及最便利的前提下，協商後續相關作業。
經雙方取得共識後，花蓮地檢署基於檢察一體原 則，與桃園、基隆地方檢察署聯繫，並由花蓮地檢署於同年9月23日派員親赴桃園、基隆地方檢察署，將被害人遺骨、鑑定報告書暨照片等資料全數取回（合計共取回9件遺骨）。
花蓮地檢署2023年9月25日逐一徵詢被害人家屬意願後，其中1位被 害人家屬表示欲親自至花檢親領被害人遺骨及證明文件，花檢隨即於隔日（26日）上午將該被害人遺骨及證明文件交付該被害人家屬，另2位被害人家屬希望將被害人遺骨及證明文件送至台東地方檢察署，花檢也於該日（26日）下午派員親送至台東地方檢察署收受，台東地方檢察署及犯罪被害人保護協會台東分會即先後於2023年9月27日、10月1日，協助將該被害人遺骨及證明文件交付該被害人家屬。
另針對已無遺骨可供發還者，花檢則依照被害人家屬之意願，分別以派員親送或雙掛郵寄的方式，將遺骨證明文件及照片交付被害人家屬，儘速完成後續發還事宜。
