柯文哲是最早倡議聯合政府及內閣制的總統候選人，他批民進黨執政，總統有權無責已淪獨裁總統制、民選皇帝制，在召開國是會議推動內閣制入憲前，他會從憲政慣例做起，當選總統後赴立法院國情報告，接受各黨團質詢監督，另行使閣揆同意權，閣員經立院聽證同意後任命，並凍結考監兩院讓三權分立確實制衡。
談閣揆任命、聯合政府，柯表示，當選會組國會最大聯盟，閣揆要讓立院過半同意，他會開名單交立院以圈、叉、三角形遴選。此方式在他台北市長期間、民眾黨不分區立委海選早已行之有年，覺得適當的打圈、不適當打叉，沒意見就打三角形，分數出來再排序、討論。
他舉例，閣揆乾脆找「老馬（馬英九）提名2個，阿扁提名2個，小英也提名2個，名單我看一看就給立委圈」，並研判若選後跟國民黨組聯盟的話，閣揆應該會是國民黨出線，就看要入股的是誰。問他挑閣揆標準？「如果不是年紀大一點，用林信義（前行政院副院長）就好，我們是來做事，不是要吵架」；國民黨主席朱立倫曾是口袋名單？他直言，藍白沒破局前有可能，但如果用圈叉三角形投票，朱在國民黨內不會過。用遴選制真能選出適任閣揆？柯自信此制度納了嫌惡度，「我的經驗這非常準」。
「我是有少數政府執政經驗的人！」藍營質疑他投機，選後可能跟綠營合作，柯說，此說法等於回到藍綠二極對抗，「誰上了就把另外一半幹掉」，但他採開放態度，聯合政府「你放心，要入股的多得是，才不會有人說我是忠貞的國民黨員，我一定不參加你的政府，這種人有，大概5％以下。」他自豪當台北市長無黨無派，第一任在議會是零席（指沒人與他同黨），第二任成立民眾黨後，只有1席議員林國成，但「絕大多數狀態下還是做得好，我很少搞意識形態」。
