一、為何高端疫苗尚未通過EUA，即與疾管署完成議價與簽約？
疾管署說明，還原當時時空背景，新冠疫苗均在臨床試驗階段以「預採購合約」模式簽約，為因應緊急疫情需求，以預先保有所需之疫苗數量，等到廠商於取得專案核准製造許可後，才可儘速提供接種，此作法與國際相同，例如：英國採購BNT疫苗、美國採購Moderna疫苗、日本採購AZ疫苗等，皆係先簽訂採購合約，才取得EUA。故此作法國內外皆然，當年5/28簽約對象共有高端及聯亞兩家進入第二期臨床試驗的廠商，聯亞因後續未取得EUA，於是疾管署依約與該公司解約，因此絕無獨厚高端，也無「先射箭再畫靶」。且依合約第七條，若EUA未通過則符合終止解除契約條件，更無須補償廠商因此所生之損失，都是為了確保國人最大利益之作法，所以各期付款都在此預採購精神下，分別以疫苗生產相關證明文件，備妥所需原料、物料、耗材及相關準備工作文件、驗收合格疫苗數量及完成配送總數量為條件。
二、為何高端疫苗通過EUA日期與採購合約要求通過EUA日期這麼接近？
疾管署說明，高端公司在6/15就已提出EUA申請，歷經一個多月食藥署內部整體審查（由醫藥品查驗中心[CDE]執行）後，於7/18召開專家會議審查，審核過程均依法定程序辦理。疾管署於一週後召開ACIP會議，依據食藥署EUA核准結果決議同意將高端納為公費疫苗，上述過程當時均即時於指揮中心記者會公布，與合約要求之7/31毫無關聯，請外界勿刻意影射。
三、為何EUA通過隔天即簽署保密合約？
疾管署說明，5/28本署與高端疫苗公司簽署之契約，內容參照行政院公共工程會的財物採購契約範本，但因該範本契約保密條款不足，未納入商業保密條款，因此議約過程中，雙方口頭約定應恪守保密義務。6/8高端公司以email提出，在採購議約及履約過程中，會提供許多原物料資訊，為避免原物料價格（涉及國外供應商機密資訊）外流，並參酌國際間COVID-19疫苗緊急採購狀況，各國政府與疫苗廠皆未對外揭露商業條款，希望增補保密條款。故雙方皆有保密責任；廠商方為主要資訊提供者，機關作為資訊接受方亦需承擔保密責任。雙方於7/19增補保密合約書，保密期限為自合約簽署日起滿5年後解除，與EUA通過日期毫無關聯。而疾管署與聯亞公司亦於7/22（EUA尚未完成審查）簽訂保密合約，顯示與疾管署簽署保密合約與EUA通過日期毫無關係，鄰近國家韓國亦有類似情形，該國於2022/1/12簽署Novavax疫苗採購合約(含保密條款)，亦於同日取得EUA，故請外界勿惡意影射。
四、為何採購契約就訂定疫苗效期展延規定？
疾管署說明，疾管署係依據當時廠商執行安定性試驗情形，預估初始核定效期僅有6個月，為避免效期過短致過期浪費，以及提升疫苗使用率，於契約中規定廠商交貨後必須依主管機關（食藥署）規定延長疫苗效期。並於契約規格中第17點訂定相關罰則：「如廠商未依規定於疫苗屆效期前取得食藥署同意展延效期函，致疫苗效期不足，則按各期未展延效期部份，自報驗日期起算，疫苗剩餘可用期限不得低於6個月之不足天數所佔效期比例、數量及每劑單價計罰。」。疫苗可依主管機關規定展延效期，無論各廠牌新冠疫苗（含AZ、BNT、Moderna等）均適用。
五、為何高端疫苗採購價格高於預算所編列700元？
疾管署說明，2020年11月指揮中心對外說明預計疫苗採購經費115億元以採購1,500萬劑每劑700元估算，不含冷鏈運送及其他作業費用。當時尚在規劃採購初期，各項資訊均不明確，僅能以預估價格編列預算 。2021年2月至5月間雙方進行議價，疾管署在過程中盡力維護採購方權益，將單價從賣方最初報價950元，協商至單劑量每劑881元、多劑量每劑810元，並於契約條件增列疫苗配送點須達200點，且廠商需負疫苗驗收至出貨前的全部保管責任，以及銷毀等其他作業支出 。
六、高端疫苗價格是否高於其他國際COVID-19疫苗？
疾管署說明，2021年採購國產 COVID 19疫苗時，國際疫苗獲准EUA者多為mRNA或腺病毒載體疫苗，與國內廠商所採的蛋白質次單元疫苗不同，並沒有同種類疫苗採購價可參考；又每種疫苗開發基礎不同，加以國際原物料成本受疫情影響，成本計價方式不同；且國際疫苗大量生產，國內疫苗廠產能規模小，故難以互相比較。實際上高端疫苗價格低於莫德納和BNT疫苗。
七、採購合約第8條保密條款註明「廠商未經機關書面同意，不得將契約內容洩漏」，打臉衛福部「公開須經高端同意」說法？
疾管署說明，此為外界誤解，雙方均必須對契約內容予以保密，已明白載於7/19所增加簽訂的保密合約，保密合約第五條明定「任一方違反本協議書之約定或有因可歸責之事由，致使他方的機密資訊被洩露者，除該違約方負擔一切法律上責任之外，應另負損害賠償之責。」之相關罰則，並依第四條若要提前解除保密、公布合約，需雙方同意。疾管署重申，此作法係比照國際商業慣例，各國政府與疫苗廠商簽訂疫苗採購契約時，均有簽訂保密條款，目的為明訂雙方之義務，使買賣雙方權益皆獲保障，亦為信用基礎。
八、高端多次延遲交貨，衛福部是否刻意包庇？
疾管署說明，採購案皆依契約規定辦理，計罰每日逾期違約金（每逾1日，按該期未履約部分之總價千分之2計罰）；另廠商逾期30日以上仍未能履約之計罰，為節省行政程序一併於111/3/24最末次驗收時，依契約規定計罰該部分之違約金。高端公司因逾期交貨計罰之違約金共約1.97億元，疾管署均已於111年3月前按次核扣完成，絕無刻意包庇不罰之情事。
