檢方調查，輔大診所設立目的是為輔大附設醫院預做準備，江漢聲於2007年11月起，3度以輔大診所虛設「醫學院學生臨床技術學習相關活動」及「學生醫學服務學習活動經費」等名義，向輔大校方借款400萬元。檢方調查，江已於2009年至2012年間還款300萬元，尚欠100萬元。
此外，江漢聲涉嫌與輔大前醫籌處醫療事務組長林依恬、醫學院前行政副院長洪啓峯合作，指定將輔大招標的「社區醫療勞務委託案」外包給輔大診所，輔大診所因此取得250萬元不法利益。
檢方認定，江男等人將屬於輔大校產的基金撥給輔大診所，與基金使用管理辦法制定的用途不符合，使校方無法掌管帳冊、帳務正確，因此把江漢聲依2條背信等罪嫌起訴；林女、洪男則依背信罪嫌起訴。新北地院今依背信及共同背信罪，判江漢聲有期徒刑10月、洪男4月、林女4月，均可易科罰金。
對此江漢聲今發聲明，表示今天是他擔任校長最後一天，對於司法針對本人不公平判決，他深感冤屈，不能接受，為爭一生清白絕對上訴到底。
江漢聲聲明全文：
今天是我擔任校長最後一天，得知新北地院的判決，至為沈痛，我完全不能接受。對於司法針對本人不公平判決，本人深感冤屈，為爭一生清白，絕對上訴到底！
檢察官早已証實沒有任何錢進任何人的私人口袋，法庭上多位証人也舉證輔大診所是輔仁大學在經營，所有財務都是輔大在掌控，所以經費在校內流通，輔大診所自始即為輔仁大學所有，根本不可能有背信之虞。
由於輔大診所是新北市衞生局了解輔大要蓋醫院所許可成立，以診所主治醫師為負責人，所有輔大給輔大診所的開辦費和擴大醫療服務的費用都是經過會計的建議，也有實際的醫學院學生在診所見習、也實際有進行社區醫療服務，當初會計建議的400萬開辦費也都已全數歸還輔大，以上事項，我都是依學校長官指示及會議決議辦理，我當只是醫學院院長受命上簽，並無主導權限。至於診所替學校所做250萬的社區醫療服務成果，也經學校正式核銷驗收，根本沒有私下挪用公款的情事，所以根本沒有部份媒體所稱之不法金額。
本人在輔大二十多年來努力於校務，興建輔大醫院使輔大成為台灣第一流私立大學是有目共睹的成績，今天個人卸任之際受此不公平司法判決，將此寃屈公諸大眾，以維護自己的清譽。
