事發至今，負責調查真相的金門地檢署，由檢察長周士榆親上火線啟動偵查程序，緊急查扣中國快艇與海巡署CP巡邏艇，採證船舶相關跡證，第一時間就發現中國快艇左舷下方有一處明顯撞痕，用肉眼即可看到凹陷處，連艇上的鐵欄杆都被撞到傾斜變形，另在海巡船艇右舷下方，也找到一處不明顯的撞擊點，加上雙方說法佐證，確定二船確有碰撞，全案已朝刑責5年以下的過失致死罪嫌偵辦。
偵訊時中國漁工一口咬定他們的快艇急轉彎也不會翻船，是遭台灣的海巡艇衝撞才翻覆；但海巡署艦艇人員堅稱依法執行公務，反指中國快艇在案發當天下午1點多進入我限制水域，並到達北碇島附近作業，艇長決定驅離，經快速追逐1分多鐘後，海巡船艇駛近中國快艇並依程序開啟警示燈與警報器，中國快艇仍未離去。
艇長於是下令登船檢查，巡邏艇駕駛即以右舷靠近中國快艇左舷，準備登船，過程中兩船本來就會接觸並輕微碰撞，詎料，中國快艇此時突然甩尾並往右急轉，企圖規避海巡人員登船，因快艇船尾橫移撞上海巡船艇右前方，巡邏艇當下立即快速迴轉，雙方因而發生碰撞，加上中國快艇反彈力道使然，因離心力失去平衡而翻覆，絕非海巡署船艇蓄意衝撞。
由於中國快艇違法進入我限制海域在先，雙方船隻初步看來確有碰撞，但沒有監視畫面為憑，即便兩造各持己見，但海面船隻碰撞與路面車禍大不相同，海巡艦艇人員當下積極搶救落海的中國漁民，應無蓄意衝撞可能，但有無過失責任？在《刑事訴訟法》「罪疑惟輕」的原則下，意即證據存有疑點，無法完全證明被告有犯罪行為的前提下，最後可能要靠科學鑑定才能判斷海巡艦艇人員的刑事責任，但恐怕仍免不了民事賠償。
