柯建銘首先在協商發表意見，一開始就不斷重複要釐清當天質詢跳號的事發始末，先打圓場稱過程出現「小小的mistake」，又說憲法賦予立委的質詢權很重要，且過去質詢也沒有過一連串唱名跳號的狀況，希望以後別再發生。一旁民進黨團幹事長吳思瑤也附和，當天就是一連串意外，希望大家不要再指責院長、議事人員或不在場的立委。
不過國民黨團對綠營隻字不提自家立委沒有到場準備不以為然，黨團書記長洪孟楷直言，議事人員不是立委保母，且民進黨至今都堅稱是韓國瑜「沒收」質詢權，不斷卸責且不願道歉，表示新國會應樹立新標準，遵守議事規則。
國民黨團總召傅崐萁也納悶為何需要再次協商，但顧及韓國瑜希望朝野和諧才出席，但他仍感到訝異，因為民進黨已經3次執政，不該把責任推卸到議事人員身上，調侃柯建銘不要太呵護民進黨立委。「國會議員沒有訓練嗎？不知道什麼是議事規則嗎？以後大學聯考晚到可否重考？國營的考試也可以重考嗎？」
民眾黨代表黃國昌則重申立場，表示立委質詢時間不在，就照議事規則走，所以他其實不太知道今天找大家來事要協商什麼？何況這起風波本就與民眾黨團無關。他也替韓國瑜澄清，有人聲稱當天院長要提前下班喝酒、周萬來祕書長曾提醒院長可喊休息等言論，都是不實指控。
最後韓國瑜試圖裁示，表示為杜絕以後再有類似狀況，民進黨團提議，立法院總質詢時由議事人員明定起迄時間，若有立委未即時到場或提前結束質詢，主席可以宣布休息，等待下位立委在排定時間繼續質詢。
但黃國昌表示，今天的協商內容還需要帶回去跟黨內討論，並提醒韓國瑜這樣的結論可行性有待商榷，可能馬上會出現很多問題，例如基準時點的認定就很重要，若一次有4、5個立委改採書面質詢，議場要怎麼辦？
不料死對頭柯建銘這時開始碎念插嘴，黃國昌第一次沒有搭理，第二次直接暴怒，怒嗆柯建銘「不好意思！請你尊重人家發言好不好？我每次講話，你插什麼話！你在講話我有在插話嗎？」隨後收拾文件走人，離開前再咆哮「院長！我有說錯嗎！根本不尊重人啊！」過程中柯建銘又繼續碎念「又來又來，快點唷，又氣噗噗」，稱自己是提案人，自認有資格插話。最後協商再度破局、不歡而散。
