施明德出獄後倡議「寬恕,是结束苦痛最美麗的句點」,政治上也主張政黨大和解,以民進黨主席身分推動與新黨結盟,但招來黨內反對;1996年施競選立法院長以1票之差落敗,後與民進黨漸行漸遠,2006年他發起紅衫軍倒扁運動,與扁正式決裂,但也獲得許多非綠人士支持。晚年施仍心繫台灣,倡議和平處理兩岸問題,提出具體方案:兩岸和平處理五原則,簡稱:「大一中架構」,以及去年九月剛剛才出版的《金馬是引信,亦是誘餌?》一書,提案將「金馬非軍事區化」立法宣告「金門馬祖和平經貿特區」。
施明德在今年1月15日、他83歲當天過世,黨內對施明德的後事討論幾經波折,家屬又維持低調,讓外界如霧裡看花。其實,施生前把每年生日都當最後一次,多次向親友道別,如今與世長辭,他的女兒在臉書訃告裡說:「我們沒有遺憾,只有完整的、完美的愛。」