陸委會聲明指出，馬英九此次以私人身分赴陸從事相關交流活動，政府向來主張兩岸間應秉持對等尊嚴，不設置任何政治前提，進行健康有序的交流，如此才能真正累積善意，促進兩岸間相互理解。
陸委會表示，台灣為民主自由與多元開放的社會，包容各種不同的意見與立場，然而維持台海和平穩定的現狀及「四個堅持」卻始終是台灣人民的最大公約數。根據陸委會本月最新民調，近8成民眾不認同中共所提堅持要在「一個中國原則」的「九二共識」下，兩岸才能恢復對話（78.8%）；近9成民眾支持維持台海和平穩定現狀（88.8%），並主張台灣的未來要由台灣2,300萬人決定（91.1%）。
陸委會指出，此次中共藉由「馬習二會」大肆宣傳「九二共識」、「促融促統」及反對「台獨」等主張，然習近平已將「九二共識」定義為「體現『一中原則』的『九二共識』」，此種企圖抺煞我國家主權地位，片面設定兩岸終局的政治框架，完全沒有中華民國生存的空間，台灣主流民意早已堅定拒絕。
陸委會強調，兩岸間的差異不在於語言或文化，而是政治體制與生活方式。對於馬英九此次與習近平會晤時，未能向中方公開傳達台灣人民對捍衛中華民國主權及民主自由體制的堅持，有違台灣社會的期待，陸委會深感遺憾。
陸委會指出，維護兩岸關係和平穩定是雙方共同的責任，當前中共持續以文攻武嚇、外交霸凌、經貿脅迫等手段對台複合性施壓，企圖迫使我方接受其單方設定的「一中」框架，是造成台海情勢不穩定的根源。政府維持兩岸和平穩定現狀的政策立場一貫，呼籲北京當局尊重台灣主流民意，正視中華民國及兩岸互不隸屬的客觀事實，停止對台打壓威嚇，以務實理性、相互尊重的態度，透過兩岸官方對話化解分歧、解決問題，以實際作為促進兩岸良性互動，確保雙方人民福祉權益。
