三顧當初指控超基因涉嫌侵害營業秘密，檢調大動作在機場空橋非法拘提從日本返台的楊智惠，立即將她帶往調查局台北市調處，徹夜訊問後，她明明不是重刑犯，也沒有逃亡或攻擊調查官之虞，竟將她硬上銬，導致手部大面積瘀青。一名調查官看不過去，一度打算替她鬆銬，最後作罷，僅坦承是上面交辦，後來楊智惠向法院聲請提審成功，中華人權協會認為此案是當年度十大侵犯人權重大事件，監察院也受理調查。
除了偵辦程序荒腔走板，調查局居然能以此文件通過立案，從偵辦營業秘密罪之初，最後又將重點轉到著作權法，辦案繞來繞去，費時近2年，不禁令人質疑是否在辦私案。
對於調查局捅出馬蜂窩，檢方一再要求三顧提出告訴權等資料，楊智惠發現，三顧當初向她借儀器做細胞層片純度及蛋白質含量的測試，合約提到楊可對研究進行發表，亦即沒有營業秘密可言。誇張的是，三顧當初向檢調提出的該份合約沒有附表，也沒有楊智惠簽名，三顧居然把這份合約當成是楊智惠侵害三顧營業秘密的最關鍵證據，根本是張冠李戴。
楊智惠後來將連同騎縫章的文件正本提出，她後來發表的這份「皮膚纖維母細胞在糖尿病傷口癒合報告」，三顧居然稱屬於該公司營業秘密及擁有著作權，還指摘楊智惠將內容用在指導博士生的論文，但內容跟三顧營業秘密根本無關。
由於從調查局立案，到報請檢察官偵辦，不論是三顧營業提告的著作權法或營業秘密告訴都屬於告訴乃論之罪，究竟三顧有沒有告訴權？這不但是啟動偵查作為及強制處分的最大關鍵，楊智惠1年多來始終要求檢調釐清，為了捍衛清白，決定大反擊提出誣告自訴，以免人權遭迫害案例再上演，連同司法威信也遭葬送，更不希望司法資源遭浪費。
除了三顧提告程序爭議四起，陳宗基的言行也引起各界高度關注，早在去年12月19日，台灣證券交易所公開資訊觀測站發布重訊，指在日本東京掛牌上市的生技大廠CellSeed公司，終止與國發基金挹注的三顧公司合作，因為日商懷疑三顧企圖盜賣核心技術到中國，不但影響台日關係，加上生技產業是未來的護國神山，無疑踩到當時蔡政府的底線。
陳宗基爭議不斷，他投資的「日舞國際娛樂」曾以中國染指台灣的政治劇《紅手指》獲評審青睞，得到文化部補助2,800萬元的天價輔導金，創下歷年罕見紀錄。不過，輔導金補助名單公布不久，日舞即大動作撤換曾獲金鐘獎、金馬獎等一線金獎的製作人、導演等班底，更打算大改劇本，最後補助金遭砍光，淪為影視圈的一大笑話。
此外，陳宗基與政商界交往、飲宴也曾傳出不少爭議話題。最離譜的一次發生在2022年6月，當時三顧邀大股東在海峽會餐敘，現場安排那卡西樂隊助興，後來傳出爭風吃醋，陳宗基猛踹2女嚇壞眾人。本刊後來直擊，陳宗基可能是用力過猛受傷，左腳膝蓋處戴上護膝護腿，就連他因案到士林地檢署開庭，居然爆出有人持假麥克風採訪事件，檢方立即主動分案，追查究竟是誰藉由利誘或發假新聞企圖影響視聽。
由於三顧爭議一籮筐，曾爆發嚴重虧損，加上國發基金用全民納稅錢投資，究竟是如何監督？更讓各界聯想到國發基金前幾年投資東貝、如興公司虧損嚴重的惡夢是否再度重演。唯有司法徹查，才能換回人民對司法的信任。
