桃檢起訴書內容提到，鄭文燦雖然在偵查中坦承為「林口特定區工五工業區（華亞科技園區）」9.12公頃農地變更開發之各項職務行為、與被告楊兆麟等人餐敘及被告廖俊松父子在其官邸交付黑色手提袋，但鄭文燦卻辯稱該手提袋是被「丟包」在官邸，他不知裡面有500萬元，但檢方認為5.53公斤現金體積小重量大，還於深夜當面交付，鄭文燦不會不知情，加上1年後鄭還用「木盒」包裝後返還，認定鄭知情手提袋中為現金。
此外，鄭文燦還辯稱是被他人意圖陷害，但檢方認為可知被告3人是同一時間遭通知到案，隨後遭收押禁見，因此3人無串證可能性，但3人卻都坦承行賄鄭文燦，加上後來被告廖○廷、廖俊松行賄500萬元後，被告黃○蓁擔心而電話聯繫，2人在電話中清楚提及行賄被告鄭文燦過程，足見被告等犯行應勘認定。
具體求刑部分，檢方認事證明確，但鄭文燦矢口否認犯行，甚至是因為知道被告等人被監聽，才把賄款返還，一再狡詞飾卸，毫無悔意，建請予從重判處有期徒刑12年。
至於被告楊兆麟命其屬下被告廖○廷銷毀對其不利之證據建請請予從重判處有期徒刑2年；被告侯水文部分建請量以適當之刑；被告蔡○○部分請予從重判處有期徒刑3年，還有被告游○○部分請予從重量刑。
鄭文燦另還涉犯財產來源不明罪，桃檢表示將另行偵辦；針對鄭文燦被起訴一事，民進黨下午回應強調「尊重司法調查，盼勿枉勿縱」。
