檢廉進一步調查，查出陳佩琪除第一階段存100萬餘元，另在第二階段存入400萬餘元，總額近700萬元來源不明，拆成60多次存進ATM，手法詭異，陳佩琪此一行為，將來可能使柯從圖利罪轉成收賄罪被告。
本刊調查，陳佩琪遭約談當天一開始說這些款項是「先生柯文哲給的」「丈夫柯文哲的演講費」，由於金額太大，說法不合理，她隨後改口說是「民眾給的選舉費用」，經檢廉提示相關證據，陳竟翻供表示錢是「小孩過年壓歲錢」，最後又改說這些錢有的是「媽媽帳戶裡的錢，為了不要讓錢變成遺產所以領現金」，說法一變再變，至今仍講不清楚。
檢廉比對柯與妻子的薪水等收入金額及模式，發現陳以ATM存的這600多萬元來源不明，且夫婦是公務人員，都以轉帳方式支領薪水，陳以ATM小額多筆存現金的模式不符合柯文哲夫婦原有的模式，因此傳喚陳進行調查。
專案小組認為，柯的演講費若高達數萬元，為何不以轉帳方式收取？民眾給的選舉費用為何不是存入政治獻金專戶？小孩過年壓歲錢為何不是在過年期間存款？媽媽帳戶裡的錢為何不用轉帳方式整筆匯付提領？對於諸多疑點，陳也說不清楚，只說是將現金累積一定金額，大約是10萬元後才拿去存，讓檢廉更加確信，這600多萬元不僅來源不明，更不能排除是賄款的可能性。
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