歷任軍情局長都將正聲上繳的資金,用於祕密情報任務、失事情報員遺屬照顧等,不過,2002年薛石民接任軍情局長後,擔心這筆錢會有爭議,下令正聲自行保管、列帳待查,並研議如何處理正聲的股權,直到余連發接任局長後,才計畫成立基金會持有正聲股權。2005年正聲上繳軍情局的金額已累積超過2億元,十分可觀。
2006年《廣播電視法》修正,規定黨政軍勢力退出媒體,軍情局也開始移轉正聲股權,以借名登記方式給部分同仁及眷屬,這些人也都簽下切結書,強調個人名下的正聲股權是軍情局所有,並同意軍情局全權處理。
後來,軍情局將正聲6千多萬元現金股利及股權,全數捐給前副局長、時任正聲董事長楊天長等人成立的漢儒基金會,再把剩餘款項繳回國庫,正式將正聲的密帳專戶結清;5年後漢儒又撥出部分款項及31%正聲股權,另外成立華儒基金會,2個基金會自此掌握原本由軍情局持有的所有正聲股權。
漢儒基金會成立後,時任軍情局長葛廣明從楊天長口中得知,正聲電台代管的餘額還有370萬元,於是要求楊上繳,並從中拿出45萬元給情報員遺族、離退人員當春節獎金,還捐贈給泰北地區的學校。後來葛被檢舉貪汙,遭法院依照「公務員侵占公有財物罪」判刑2年半,軍情局就是根據此判決,主張當時捐給漢儒基金會的錢是公款。
知情人士告訴本刊,法院當年審理葛廣明案時,調出不少軍情局與正聲電台、2基金會往來的公文,包括推薦退將任職電台及基金會、年度盈餘決算分配,甚至翻出數十份正聲股權借名登記的切結書,證明確由軍情局出資持股。諷刺的是,這些簽過切結書的退將,獲軍情局推薦轉任正聲電台肥缺後,竟改口辯稱:「軍情局從未持有正聲股權!」
該人士表示,2基金會成立初期,軍情局仍實質掌控電台及基金會,但基金會及正聲電台負責人的派任,後來卻從原本內部行文簽辦便可敲定人選,逐漸轉為口頭推薦人選,再由基金會及正聲董事會選任,掌控力道已大不如前。