針對本土小牙醫聯盟及部分海外牙醫師的質疑，邱泰源澄清，衛福部並未透過偏鄉計畫來為「波波牙醫」開後門。他表示，50個牙醫實習名額一直以來都是在全球畢業生之間公平競爭，且這些名額的分配將確保所有實習生都能接受最嚴格的醫療訓練，最終目的是提供台灣民眾最高品質的醫療服務。
此外，部分海外牙醫師的家長也對此提出訴訟，指控衛福部侵犯了考試權與工作權。邱泰源對此回應，表示理解各方的情緒，並強調衛福部將持續努力解決爭議，並希望雙方能理性對話，共同維護台灣醫療體系的品質與公正。他強調，衛福部始終致力於保障民眾健康，並以最高標準來審視所有牙醫實習生的資格認證過程。
邱泰源再次重申，衛福部將秉持嚴謹的態度處理此事，無論是本土牙醫或國外畢業生，所有考生都將在公平、公正的環境下競爭有限的名額，確保台灣醫療品質不受妥協。
