對此，國防部於今（3）日澄清，所謂的課程調整並非來自國防部的指導，而是各軍事院校依照自身的需求與學術規範進行調整。國防部人事參謀次長室人才培育處處長傅政榮少將強調，軍事院校自民國88年起已納入《大學法》的規範，享有大學自治與學術自由，因此課程調整需經過各院校課程設計審查委員會審議，並由校院長核定後，再提交國防部核備。
傅政榮指出，國防部並無指導軍校具體課程內容的權限。各校對課程設計的調整，需通過課程設計審查委員會的審議，該委員會由外聘專家學者、學生代表、老師及系上幹部組成，並由校長主持，確保課程調整符合學術自由與學術規範。至於各院校的課程及教材內容，如「中國現代史」的教材不同學校有所不同，例如陸軍官校使用的是東華書局出版的《中國現代史略》，海軍官校則使用三民書局的《中國現代史》。
傅政榮強調，這些調整與修改的內容僅為研討範例，並非確定的政策。各校依據其實際需要與發展規劃進行課程的增減或調整，國防部完全尊重並支持各軍事院校的學術自主與課程設計。
