事實上，基隆城際轉運站在啟用前就有類似問題，當時通勤族要搭車必須走到臨時國光客運站，路途中經過地面、木樓梯，會發現全都是鳥屎，就是因頂棚早就已被鳥類暫棲，而除鳥屎外，民眾等車時還會聽到吵雜鳥叫聲，相關問題直到轉運站啟用後仍未解。
根據《中央社》報導，基隆鳥會觀察及統計發現，超過百隻外來種八哥會在下午4時到隔天凌晨間住在轉運站的大頂棚，總幹事李知榕就指出，若透過聲音或味道僅能短暫解決，若是透過架網方式又可能導致他們轉移陣地，等同也沒解決問題，呼籲市府跨局處想出解方。
對此，市府交通處回應，目前已裝設18個驅鳥器，不過成效有限，未來考慮透過架網方式處理，但相關成本恐達100萬元。
