看不過去的Ａ先生向文化部檢舉，呂的劇團今年才被廢止進駐資格，並要求2月遷出，但黃瓊瑩卻私下同意劇團持續「無償」使用館舍，甚至將未對外開放的教室，提供給劇團當倉庫，放置各式道具、物品，並任由外部人員自由進出，不僅涉及違反《國有財產法》，更有消防安全的疑慮。
除了呂姓負責人的劇團，黃瓊瑩也為許姓評委的劇團大開方便之門，評選時未利益迴避，就讓劇團取得2023至2024年的進駐權，之後更屢次取得美學館的限制性招標案。Ａ先生痛批「這不是圖利，什麼才是圖利？」
此外，黃瓊瑩還被控為吳姓學者量身打造「藝術研究計畫」。Ａ先生說，黃自2020年至2022年，連續3年透過限制性招標，將超過50萬元的規劃案，決標給吳及其任教的大學。然而，該計畫最終竟「未產出任何符合學術規範的正式研究成果」，被質疑巧立名目、浮編預算，規避行政院對委託研究案的嚴格把關。
更諷刺的是，儘管無實質研究成果，黃瓊瑩仍對外高調宣傳吳姓學者為計畫主持人，並以此名義發包大量視覺設計與攝影案給特定廠商。
其中，2022年的視覺設計案，底價為588,000元，而得標廠商投標金額精準落在60萬元，後來也由該廠商設計美學館「標準字館徽」；2025年的「減碳光環境示範展覽」採購案，底價140萬元，得標廠商投標金額為139萬9,000元，如此神準的報價，令人質疑底價恐遭洩漏。
