2000年4月，國民大會修憲將監委同意權改由立法院行使，門檻為逾半數以上立委同意就通過，自第4屆監委開始適用，但第4屆監委，也是命運最坎坷的一屆。
2004年12月20日，前總統陳水扁提名第4屆29位監委被提名人，包括：監察院長被提名人張建邦、副院長被提名人蕭新煌、監委被提名人呂溪木、黃煌雄、李伸一、趙榮耀、黃武次、謝慶輝、劉玉山、顏錦福、呂新民、周慧瑛、洪貴叁、邱清華、洪昭男、劉永斌、陳宏昌、蔡明華、張富美、黃爾璇、楊平世、葉金鳳、郭吉仁、吳豐山、林志嘉、尤美女、林筠、高秀真、黃惠英。
當時，因立法院第5屆立委任期僅剩最後1個多月，且執政的民進黨與泛綠陣營台聯總席次僅約100席，並未超過半數（總席次225席）的113席，因此在國民黨與親民黨過半席次主導下，並未在任期內行使監委同意權。
2005年2月，第6屆立委上任後，雖然總統府於4月再次將提名咨文送交立法院，但因國親聯盟仍掌握過半席次，主導議事程序，多次暫緩列入立法院院會議程，遲未行使監委同意權。導致2005年1月底第3屆監委任滿後，監察院就陷入無監委的空轉狀態。
2005年6月，時任民進黨團幹事長賴清德與全體民進黨立委針對立法院不行使監委同意權一事，向司法院聲請釋憲。2007年8月，大法官作出釋字第632號解釋，宣告立法院不行使同意權違憲，不過第6屆立委任內仍未行使同意權。
