對於同為司改委員的林孟皇法官提案，希望將檢察官的司法官身分改為行政官，蔡元仕認為不可行，因為這有「以明朝的劍，斬清朝的官」的味道。
蔡元仕指出，目前我國是承襲大陸法系傳統，將檢察官定位為司法官，檢察官與法官，是司法的「內部分權」，也稱為「司法的權力分立」，將追訴和審判二種權力，分別交到檢察官、法官手上，相互制衡，避免一方獨斷。他認為，要判一個人有罪，在現行制度下，檢、院都得投贊成票才可以，因為院檢同屬司法權，才會有「地方法院檢察署」這樣的説法。
蔡元仕認為，美國制度將檢察官定位為國家的代表律師，檢察長由外部票選產生，檢察長本身就有高度政治性。若以美國的檢察官制度為出發點，來質疑台灣目前檢察官的制度設計，難免有「以明朝的劍，斬清朝的官」的味道。
此次司改會議針對檢察官定位變革進行討論，蔡元仕認為，社會長久以來對檢察官的批評，很大一部分是質疑檢察官政治不中立、淪為政治打手，結果這次司改提出來的方案，卻不是想強化檢察官的司法官性格，反而是提案把檢察官從司法中移除，交到行政手中，成為國家的律師。他質疑，這帖藥方與社會要求檢察中立的呼聲相反。
蔡元仕在對話群組中也提到「恐龍法官」的問題。他指出，人民參與審判的討論，起因於「白玫瑰」等運動，民眾對食安、殺人、性侵案件輕判的不滿，民眾認為司法輕縱被告，不能落實正義。姑且不去討論「重刑主義」的好壞，至少這樣的主張，反應的是在社會「重刑主義」的氛圍下，民眾期待法官將食安等案件，判重一點。
但蔡元仕認為，若解決判太輕的方式是「用陪審制消滅恐龍法官」，這就頗值得玩味。因司改委員李念祖律師在上次會議曾指出，不管基於外國法制研究，或是國內模擬法庭的實驗結果，陪審制的判決，因制度設計的本質，實際上是更偏向無罪，如果是基於「重刑主義」而採陪審制，但卻主張引入更具有「無罪導向」的制度，陪審的支持者與社會大眾間，對陪審制的資訊是不對稱的。
蔡元仕指出，關於檢察官屬性，明明社會不希望握有主動偵查權的檢察官淪為打手，那麼方向應該是弱化檢察權與行政權的臍帶關係，進一步加強其司法性格，所以甚至有學者主張將檢察機關改移屬至司法院底下。
他認為，如果檢察官的定位是「去司法官化」，變成國家的律師，組織上加強行政權的控管，就算形式像NCC或金管會，維持獨立性，恐怕更難取信於社會。他質疑，失去司法特質的檢察官，完全落入行政權手中，面對政府這個老闆，難道就會更不仰承上意？
