知情人士指出，去年王瑞慧接任長庚醫院董事長後，以經營企業角度推動長庚醫院改革，大刀砍向不賺錢的單位，年虧2億元的急診成為王瑞慧的首要改革對象，長庚大老曾暗示王瑞慧，推動合理化改革很好，「但長庚的『理』是把病人的利益和健康放在優先，並非院長或董事長的『理』。」
長庚大老指出，台灣過去沒有急診專科，長庚效法美國引進急診專科制度，引來當時衛生署、大牌醫師反對，投入的醫師也不一定可以拿到專科主治醫師執照，但這些醫師都甘冒風險，為使命感決定推動，獲得台塑創辦人王永慶的大力支持，「當時創辦人（王永慶）說，即使設急診專科主治醫師的薪水費用高，也要不計任何成本和代價推動。」
但作風強悍、走自己路的王瑞慧為改善績效，並沒有將大老建言聽進去，去年上任後就想縮減賠錢的急診和觀察室，今年6月10日，院方不只免職林口長庚急診醫學部部主任陳日昌和林口長庚急診室主任邱德發，其他4個急診主任還被以行政小瑕疵記過，被迫卸下行政職。其中，陳日昌在長庚30年，一手建立長庚急診部，而且今年7月就要退休，卻突然遭到免職，「管理層的作法太粗暴，讓人看了心寒。」1位長庚醫生表示。
不僅北部的長庚醫院爆發危機，知情人士透露，今年4月王瑞慧一度打算要將雲林長庚關院，遭到長庚董事、台塑集團總裁王文淵反對，關院計畫才喊卡，「雲林長庚是王永慶蓋六輕承諾地方政府，怎麼可以關院。」
不只縮編計畫，前年卸任的換肝權威陳肇隆、今年4月底閃辭的高雄長庚醫院院長李炫昇，以及一手創立長庚醫院脊椎科的「脊椎治療權威」陳文哲離職，也都被直指和王瑞慧的強勢作風有關。
知情人士透露，陳肇隆前年從高雄長庚退休，是因外科門診費用項目誤植，王瑞慧當時正在高雄長庚，個性直率的她立刻衝到陳肇隆辦公室，「要陳肇隆直接走路，陳才決定退休。」
李炫昇也是因為被點名收受廠商贊助，查明後雖是子虛烏有，但李仍決定請辭明志，還連帶拖累骨科大老陳文哲、陳力輝、詹益聖遭記兩大過，陳文哲也被迫免職。
陳文哲砲轟，會被免職就是因為李石增排除異己，李過去想把脊椎科與神經外科合併，引發反彈後才作罷，李石增接任長庚決策主委時，內部反對聲音不斷，但王瑞慧卻堅持要讓李接任，「王瑞慧一個人挺他。」
長庚大老說，王瑞慧和王永慶創辦宗旨背道而馳，當初因為父親王長庚來不及就醫，才決定要創辦長庚醫院，「即使超收病患，每年超過30億元要自己吸收，創辦人仍指示病人到醫院一定要收，要保障病患的權益。」
