《刑法》沒收新制與舊法的最大不同，在於將沒收由過去的「從刑」改為可以單獨宣告，舊法時代，主從刑不可分，也就是法官要判被告有罪時，同時宣告沒收被告的不法所得，因此，若無有罪確定判決書，是不可能向被告追討不法所得。在過去，如果被告死亡、通緝未到案、因病停審、獲特赦，沒有主刑判決就沒有從刑的沒收，檢方就無從追討不法所得。
拉法葉佣金案被告汪傳浦死亡，依法他獲公訴不受理，在舊法時代，不可能有有罪確定的判決書，檢方難以追贓，而新法實施後，檢察官可以聲請單獨沒收不法所得，汪傳浦案成為第一個適用案例，此外，新制除了對被告之外，未來被告以外的第三人資產，若與犯罪有關，在一定要件之下，也可以一併沒收或追徵，如某被告將貪汙不法所得，買珠寶送給不知情的友人，依新制，也可以向這不知情的友人所獲贈珠寶進行沒收。
過去適用舊法時，只有特定罪名，如貪污、洗錢、毒品、證券交易法等案，才有沒收的規定，其他案件僅能沒收犯罪物品，如某人花100萬元買兇殺人，如被告已將買凶酬金100萬元花光，舊法只能沒收殺人案的槍，新法任何罪名的犯罪所得，都可以沒收並追徵被告的其他資產，依新法除沒收槍外，也可以查扣被告名下的資產，追徵這100萬元。
因失智等病獲保外就醫的前總統陳水扁，目前尚未判決定讞的二次金改等5大案也一併停審，遭瑞士查扣的扁家海外3億元資產仍未匯回，近來不少綠營人士一再要求對陳水扁特赦，檢方認為，若5大案永遠無法重啟審理，或扁獲得特赦，檢方將永遠無法追回扁家海外3億元資產，因此研擬先依《刑法》沒收新制，向法院單獨聲請沒收扁家海外資產。
